在食用菌培育过程中，可能会出现这样的情况，就是菌棒腐烂，此情况多发生在栽培年数较长的老菇区，为什么会出现菌棒腐烂的现象呢，该怎么去防治？
一、菌棒出现腐烂的原因
1.是培养料配比不合理，拌料不均匀，尿素、过磷酸钙、石膏、石灰等添加物超量；
2.是培养室长时间通气不良，二氧化碳浓度高，氧气不足，致使菌丝回菌，影响菌丝生长发育；
3.是培养室长时间温度过高，超出了香菇适宜生长温度范围，刺孔后堆温大幅度升高引起“烧菌”，造成菌丝生长脆弱甚至死亡；
4.是阳光直射菌棒，强烈的紫外线烧伤菌袋内的菌丝，甚至菌丝被杀死，菌棒局部出现黄水，菌棒上淤积黄水过多，影响通气，极易造成杂 菌感染；
5.是出菇生产环境空气湿度过高，给菌棒补水时水温过高，补水过多，高温闷热天气通风不良等原因导致菌棒烂棒；
6.是采菇后没有及时清理菇根、对于没有完全转色好的菌棒和采菇人员技术不熟练，采菇时带下大块培养料造成菌丝受伤等原因，喷水后极易滋生霉菌导致菌棒烂棒。
7.虫害伤害：菇类害虫从通气孔进入菌棒生长繁殖，直接咬食菌丝体，菌丝体受伤后形成局部高温、高营养环境，使竞争性杂菌入侵感染，形成虫菌交叉感染，导致菌棒腐烂。老菇区虫口密度高，为害重，烂棒也相对较为严重。
8.栽培品种抗逆力减弱：抗逆力减弱是品种种性退化的一种表现，这是菌棒腐烂的内因。一些品种种植多年，种性退化，菌丝生命力减弱，对环境适应能力差，抗杂菌入侵能力下降，竞争性杂菌就能乘虚而入，引起菌棒腐烂。
此外，还有因顽固性寄生菌或病毒直接入侵或干扰，而引起菌棒腐烂的情况。
二、菌棒腐烂的防治
菌棒腐烂的防治应以预防为主，治疗为辅，并贯彻于整个栽培管理过程。
(1)选用优良品种，对退化品种进行提纯复壮。
(2)做好进行栽培防治管理
①合理布局品种。依照当地的气候特点，选择适宜的品种。
②搞好栽培场地和环境的卫生，上年度废菌棒要及时清理；老菇场要喷洒杀菌杀虫剂，减少杂菌污染源，降低虫口密度。
③严格控制消毒药品的用量。目前市面上消毒药品含有的有效成份都是相同的，用量以每立方米3-4克为佳，切勿超过6克。
④接种口用蜡或胶带封口，杜绝虫、菌从接种口入侵菌棒。
⑤刺孔通气要规范操作，铁钉直径要小于2毫米，孔深1-1．5厘米，选晴天刺孔，不在瘤状物处刺孔。
⑥合理治虫防病，及时补充菌菇营养，使用益富源菌菇营养液仅需喷洒，注水，能有效补充营养抑制有害杂菌。
(3)及时对烂棒进行治疗：发现菌棒腐烂现象后，要及时将烂棒拣出另行堆放，以免菌棒间交互感染，并进行下述治疗处理：
①用干净刀片切除腐烂部分，用杀菌剂擦洗病斑切口处和薄膜，然后将薄膜复回，用胶带封死，防止失水和虫、菌再次入侵。这一操作最好在无菌条件下完成。
②在发菌初期开始烂棒的，应果断进行再次菌棒消毒接种(重做)。
