鸭种蛋产出母体时会被泄殖腔排泄物污染，接触到产蛋箱内粪便时会加重污染，为保持种蛋的清洁卫生，必须对种蛋进行严格消毒。
从理论上讲，最好在鸭蛋产出后立即消毒，这样可以消灭蛋壳上的绝大部分细菌，防止其侵入蛋内，但在实践中无法做到。比较切实可行的办法是每次捡蛋完毕，立刻在鸭舍里的消毒室或者送到孵化场消毒。种蛋入孵后，应在孵化器里进行第二次消毒。
1.消毒方法
⑴甲醛熏蒸消毒法。每立方米空间用42毫升福尔马林加21克高锰酸钾密闭熏蒸20分钟，可杀死蛋壳上95%以上的病原体。在孵化器中进行消毒时，每立方米用福尔马林28毫升加高锰酸钾14克，但应避开发育到24～96小时的胚龄。
⑵过氧乙酸熏蒸消毒法。每立方米用16%过氧乙酸40～60毫升加高锰酸钾4～6克，熏蒸15分钟。
⑶消毒王熏蒸消毒。用消毒王Ⅱ号按所购产品说明书的规定剂量熏蒸消毒。
⑷新洁尔灭浸泡消毒法。用含5%的新洁尔灭原液加水50倍，即配成1：1000的水溶液，浸泡3分钟，水温保持在43～50℃。
⑸碘液浸泡消毒法。将种蛋浸入1：1000的碘溶液中0.5～1分钟。浸泡10次后，溶液浓度下降，可延长消毒时间至1.5分钟或更换碘液。溶液温度保持在43～50℃。
⑹紫外线消毒法。将种蛋放在紫外线灯下40～80厘米处，开灯照射10～20分钟，可杀灭蛋表面细菌。
⑺百毒杀喷雾消毒法。每10升水中加入50%的百毒杀3毫升，喷雾或浸渍种蛋进行消毒。
2.消毒程序
在鸭舍内或种蛋进贮存室前，在消毒柜或消毒室中进行第一次消毒；入孵到孵化器中进行第二次消毒；落盘到出雏器中进行第三次消毒；雏鸭大部分出壳，但毛还未干时，用7毫升福尔马林加3.5克高锰酸钾熏蒸雏鸭10分钟，但此时熏蒸对雏鸭气管上皮有一定的损伤，应慎重考虑。
