葡萄穗轴褐枯病属真菌性病害，主要为害葡萄果穗幼嫩的穗轴组织，在发病初期会在幼穗的分枝穗轴上产生褐色水浸状斑点，扩展后会导致穗轴变褐坏死，果粒失水萎蔫或脱落，严重影响了葡萄种植产业的发展，因此需采取相应的防治措施，具体防治如下。
(1)降低棚体内空气湿度：大棚种植葡萄时，如果棚内空气湿度高，则容易发生葡萄穗轴褐枯病，因此对于葡萄空气湿度高的大棚，可以通过放风等措施，将大棚葡萄幼果期棚内空气湿度降到60%左右。
(2)葡萄生长期要选用适合无公害生产的杀菌剂：幼穗至幼果期，每隔7～10天喷1次80%大生M-45可湿性粉剂600～800倍液，连喷2～3次，预防葡萄穗轴褐枯病，由于该药剂属保护性杀菌剂，具有低毒、低残留、安全、无药害等特点，因此可以放心使用；葡萄穗轴褐枯病发病后可选用具有治疗、内吸作用的杀菌剂有：62.25%仙生可湿性粉剂600倍液，该药剂颗粒细，黏着性强，耐雨水冲刷，持效期长。50%扑海因(异菌脲)可湿性粉剂1000～1200倍液具有触杀、低毒和一定的治疗作用。1.5%多抗霉素可湿性粉剂300～400倍液，该药剂属农用抗生素类杀菌剂，低毒，有较好的内吸作用，对人畜作物安全性高，不污染环境。
(3)葡萄芽萌动前对结果母枝喷洒铲除性药剂，比如说45%代森铵水剂200～300倍液，该药剂属有机硫制剂，具有治疗、铲除、渗透、保护作用和一定的肥效，对人畜鱼低毒，中性至弱碱性，也可以选用45%晶体石硫合剂40～60倍液、3～4波美度石硫合剂等药剂，铲除葡萄穗轴褐枯病菌源。
